关于新车合格证被4S店抵押给银行的原因，主要源于4S店与银行之间的金融协议。这些协议允许4S店在销售车辆后，将车辆合格证作为抵押物与银行进行金融操作。通常情况下，车辆销售完成后，4S店的财务部门会按照协议办理相关手续，及时从银行取出合格证并交付给客户。

然而，在某些情况下，如果财务部门无法成功取出合格证，可能是由于公司存在一些经济或合约问题。但只要这些问题得到解决，合格证最终仍然可以被取回并交付给客户。

根据国家质量监督检验检疫总局的规定，家用汽车产品必须具备中文的产品合格证或其他相关证明文件，以及随车提供的产品使用说明书、三包凭证、维修保养手册等文件。因此，合格的车辆必须在出厂时附带合格证。

总的来说，新车合格证被4S店抵押给银行是出于金融协议的需要。只要4S店与银行之间的经济关系得到妥善解决，合格证就能顺利取回并交付给客户。