雅马哈MT-09搭载的“Y-AMT”（自动换挡装置），只需操作左手的操纵杆即可完成换挡，该变速箱无需对手动变速箱的换挡机构、离合器结构，甚至是变速箱的内部结构进行大的改变。2006年，首次在FJR1300AS上安装了YCC-S“雅马哈芯片控制变速”，之后新开发了“MT-09 Y-AMT”上的“Y-AMT/雅马哈自动变速箱”。

在介绍Y-AMT的工作原理之前，有必要了解一下技术的前身YCC-S。 YCC-S是一种通过执行器取代左手操作离合器和左脚换挡操作的自动化机构，FJR1300AS是一款配备YCC-S的大型旅行车，于2006年发布。

作为一个不需要离合器操作的系统，没有配备离合器杆，换挡操作是使用“脚踏杆”来进行的。后来改为使用“开关”，通过预先操作手边的模式选择开关，可以使用安装在左侧开关盒上的“手动变速开关”来选择变速。

一般来说，大车身的旅行车车型都比较重，所以在市区交通拥堵或者需要掉头的情况下骑行时，需要做好充分的准备。在这一点上，FJR1300AS消除了骑手对操作离合器的需要，从而避免了发动机熄火的情况。

YCC-S和雅马哈Unifit制动系统配合工作，根据骑手操作的后制动力向前制动器产生液压，使用脚踏换挡开关时，换挡时有时会出现时间滞后，此外，使用左手操作的手动换挡开关，降挡操作需要分散时间，只有一个拇指放在握把上，所以很难驾驶。

Y-AMT换挡机构是用左手食指执行的，操作标有“+”的控制杆将升挡，向前推动将降挡，离合器杆被正式废除。2013年，随着FJR1300A/AS的型号变更，新采用了电子控制油门“YCC-T/Yamaha Chip Controlled Throttle”。 YCC-T系统其中ECU单元检测骑手的油门操作，并且系统根据该信号计算最佳节气门开度并使用电机操作节气门。这样可以对进气量进行微调，从而产生更直接的加速感觉。

当然，YCC-T也会与YCC-S协调控制，其中之一是雅马哈D-MODE（驾驶模式切换系统）。有用于旅行的“T 模式”和用于运动驾驶的“S 模式”。该切换模式后来用于MT-09 Y-AMT上的“AT模式”中设定的“D挡位”和“D+挡位”。

D-MODE（驾驶模式切换系统）可以在“T模式”和“S模式”之间进行选择，“T模式”强调长途旅行和城镇周围的操控性，而“S模式”则是运动模式，通过操作右手柄上的开关进行切换。同时，YCC-S增加了“STOP MODE”控制，可根据减速程度自动降挡，停止时换至1挡。 MT-09 Y-AMT也继承了这一点。 2013款消除了2006款中出现的换挡迟滞现象，车把开关也经过重新设计，包括手动换挡开关，提高了整体的可操作性。

Y-AMT换挡机构有四个特点：离合器杆和变速踏板井然有序，只需一根食指即可换挡；变速操作瞬间完成（升挡需要0.1秒）；骑手可以集中精力进行油门和刹车操作； AT模式，不用担心堵车。重量仅为2.8公斤，为了避免影响骑行过程中的转动惯量，用于离合器和换挡的两个执行器被放置在车辆的中心，位于发动机气缸体后面和变速箱之间的区域中。当执行换挡时，位于发动机右侧的离合器执行器被激活以分离离合器。

着眼于手动换挡的感觉，新开发了换挡杆内置弹簧，将弹簧进行预压缩后一次性释放，从而快速释放齿轮。为了缩短释放齿轮的啮合时间，传统MT-09变速机构有5个齿轮爪，在2024年型号MT-09系列中增加到6个，与凹槽接合的距离更短，从而缩短了释放时间。

当离合器分离时，位于发动机左侧的换挡执行器开始工作以换挡。用左手食指操作的跷跷板式变速开关可在0.1秒内控制快速升挡，将食指放在开关上按压即可升挡，向前推动即可降挡。由于不需要像YCC-S那样用拇指来降挡，可以牢牢抓紧握把，所以在升挡和降挡时抓地力不会减弱。

Y-AMT跷板式变速开关被设计成易于骑手操作的形状，当然，还考虑了戴手套时的可操作性。变速开关是一个“U形”的形状，并且是一个单独的部件。因此，当用食指操作时，另一侧的控制杆也会与连接点一起移动。

除了使用变速开关的“MT模式”之外，Y-AMT也和YCC-S一样，还拥有“AT模式”。只需按右手的开关按钮即可立即更改，非常方便。在AT模式下，甚至不需要用食指来换挡。此外，在AT模式下，还会根据油门操作在中低速范围自动换挡的D挡位，以及在中高速范围内的D+挡位。右侧的控制开关可在AT和MT模式之间切换。

雅马哈将第一款Y-AMT换挡装置安装在MT-09上，计划将来将其安装在多个型号上。 理论上来讲，无论是什么类型的摩托车，这款自动换挡装置只要有空间就可以安装。